Re: [Erlug] domanduzza bash

[Ivan Rossi [Permanent Link]]

Il giorno 30 novembre 2012 13:21, Federico Calboli <f.calboli@xxxxxxxxxxxxxx> ha scritto:

(con files accoppiati con allegri nomuzzi tipo ERR188039_1.fastq.gz, ERR188039_2.fastq.gz, ERR188047_1.fastq.gz, ERR188047_2.fastq.gz eccetera)

ah! NGS data! 

Ora, il numero di files che ho da spippolare e` cresciuto, per cui vorrei fare in parallelo.

Io so che per sottomettere lo script in parallelo ho da fare:

qsub -J 1-94:2 -q la_mia_queue mio_ciappino.sh

e mettere nei parametri

#!/bin/bash
#PBS -l walltime=72:00:00
#PBS -l mem=7900mb
#PBS -l ncpus=1
n=PBS_ARRAY_INDEX

E un queuing system di qualità inferiore &;)

Ivan

PS non ho resistito!