Re: [Erlug] domanduzza bash

[Giulio Iotti [Permanent Link]]

2012/11/30 Federico Calboli <f.calboli@xxxxxxxxxxxxxx>

no, i nomi dei file non corrispondono all'ordine dei file -- i numeri sono effettivamente a caso, l'unica cosa che io voglio che pigli fileA_1.fastq.gz e fileA_2.fastq.gz che fanno il paio.

Allora puoi anche farti una lista dei fie non *_2* (tipo ls -1 | grep -v _2 > lista.txt), splittala per il numero di processi qsub che vuoi fare partire.

Il tuo script legge il file lista corrispondente (tipo 1.txt) e ci lavora sopra:

cat ${PBS_ARRAY_INDEX}.txt" | while read f; do
   echo Paio $f e ${f/_1/_2}
done

A me sembra piu' semplice.

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Giulio Iotti