Re: [Erlug] domanduzza bash

[Giulio Iotti [Permanent Link]]

2012/11/30 Federico Calboli <f.calboli@xxxxxxxxxxxxxx>

qsub -J 1-94:2 -q la_mia_queue mio_ciappino.sh

e mettere nei parametri

#!/bin/bash
#PBS -l walltime=72:00:00
#PBS -l mem=7900mb
#PBS -l ncpus=1
n=PBS_ARRAY_INDEX

dove n viene dal -J 1-94:2 (ovvero i numeri dispari da 1 a 93 inclusi).  Il mio problema e` dare un cazzo di indice alla lista dei file che possa sostituire il for loop in modo prendere il file associato a n, il file accoppiato ssociato a n+1 e spippolare.  Sfortunatamente qui mi pianto.

Non penso ti servano i numeri dispari. A te serve un contatore tra 188039 e 188047, no? (O come ti pare, a seconda dei nomi dei file.)

Poi crei il filename "ERR${PBS_ARRAY_INDEX}_1.fastq.gz" ed il suo gemello, e ci lavori...

Il ciclo for penso sparisca, perche' qsub ti chiama lo script per ogni numero, credo. Mai usato, comunque.

A proposito, prima di processare i file, fai un test [ -f "$FILE" ]; per vedere se esiste, magari non hai tutti i numeri consecutivi. 

E, con tutto il rispetto per il tanno, lascia perdere gli array in bash, e' roba invetata da alcolisti.

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Giulio Iotti