Re: [Erlug] bash, pigliare file a due a due

[Federico Calboli [Permanent Link]]

On 3 Apr 2012, at 17:29, Davide Brini wrote:
> 
> Forse sono io che non ci arrivo, pero' perche' non puoi fare
> 
> for file in *.fastq.gz; do
>  blah blah con $file
> done

perche` ho da fare

bowtie -a --best  --strata -S -m 100 -X 400 --chunkmbs 256 -p 8 --fullref 
/groupvol/gcd/federico/FASTQ/ref_splices \ -1 xyz1 -2 xyz1

done xyz1 e` il primo di una coppia (per esempio 1184_1_1.fastq.gz) e xyz2 e` 
il secondo di una coppia (1184_1_2.fastq.gz).

F