2008/11/12 Federico Calboli <f.calboli@xxxxxxxxxxxxxx>:
>>
>> Se vuoi un consiglio, queste cose (hapcluster, genetica delle
>> popolazioni) falle con make.
>
> Come?
ehr.. te lo spiegherei ma non ho capito bene quello che devi fare.
qualcosa del genere:
"""
CHROMOSOMES = 1 2 3 4 5 6 # deve esserci una funzione bash per generare questo
RESULTS = $(addsuffix CHROMOSOMES, _result.txt)
all: $(RESULTS)
%_result.txt: data/chr%_input.txt
hapcluster --opzione1 --opzione2 --input $< --output $@
"""
in un Makefile
questo immaginando che i tuoi files di input siano nella cartella
'data' e siano del tipo chr<numero>_input.txt (e.g. chr1_input.txt) e
tu voglia salvare i risultati con il suffisso '_result.txt' (e.g.
1_result.txt).
Poi dai un 'make all' (oppure credo, pmake -cvs all, dopo aver
studiato man pmake) per avviare il processo.
more informations: http://swc.scipy.org/lec/build.html
> A me lo scriptino serve solo a creare i vari shell scripts da
> sottomettere al cluster con qsub [infatti quando lo scriptino funge ho
> da aggiungere una riga per qsub]
ragione in piu' per usare make e qmake :)
>
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